Obecnie obszar Katowickiej Specjalnej Strefy Ekonomicznej to ponad 1500 hektarów na terenach 19 miast i 8 gmin w trzech różnych województwach. Jednak najważniejszym podziałem wymuszonym przez duże rozproszenie terenów inwestycyjnych jest podział na podstrefy. KSSE składa się z 4 podstref – gliwickiej, sosnowiecko-dąbrowskiej, tyskiej i jastrzębsko-żorskiej. Ten schemat struktury Katowickiej Strefy umożliwia skuteczne zarządzanie terenami inwestycyjnymi, sprawną komunikację z firmami strefowymi i efektywną współpracę z samorządami miast i gmin.

Podstrefa Gliwicka zajmuje obszar ponad 600 hektarów między innymi na terenach miast Gliwic, Zabrza, Knurowa, Lublińca, ale także w województwie opolskim – w Ujeździe i Strzelcach Opolskich. Głównymi inwestorami w strefie są GM Opel, NGK Ceramics, Mecalux, Roca.

Podstrefa Sosnowiecko-Dąbrowska obejmuje obszary rozciągające się od Siemianowic Śląskich aż po Sławków gdzie znajduje się terminal logistyczny kolei szerokotorowej. Podstrefa ta także zarządza terenami w Częstochowie.

Tereny strefowe w południowej części Województwa Śląskiego podlegają podstrefie Jastrzębsko Żorskiej. Znajdują się one między innymi w Żorach, Jastrzębiu-Zdrój, Bielsku-Białej. Dodatkowo tereny KSSE w Myślenicach, w Województwie Małopolskim także stanowią część tej podstrefy.

Tereny podstrefy tyskiej znajdują się głównie na terenie miasta Tychy i po części na terenie sąsiadującej gminy Bieruń. Oprócz tego wszystkie tereny strefowe znajdujące się w Katowicach, przeznaczone dla projektów BPO także są częścią podstrefy Tyskiej.

Struktura organizacyjna spółki jest ściśle związana z podziałem na podstrefy.